薛定谔的仓库。
这个仓库真是诡异。如果从窗户看，里面堆满了金银珠宝。但是，如果打开门，这些珠宝就会瞬间消失。柯南的脑子都快炸了，这难道就是薛定谔的仓库吗？一定有什么秘密。
柯南一进门就看到了祭坛，但正常人家谁会把这个东西放在头顶？更奇怪的是，墙上还有一个金算盘，可以灵活移动。柯南让牛马元泰趴下来当垫脚石。
随着柯南拨动算珠，整个仓库都响起了机关转动的声音。这个算盘是控制机关的工具，但只要移动出错，所有算珠都会瞬间归位。柯南发现算盘上有几列算珠没有灰尘，而且有经常移动的痕迹。光彦记录下了细节，这一幕被柯南看到，但他并没有在意，而是迅速跑出去准备再次打开窗户。
就在这时，柯南突然发现门上有一条不合理的缝隙。他思考着这个问题，而三傻已经不耐烦地催促他了。
柯南终于确定，这三个冤种背后一定有指示者。但这个人是谁呢？他打电话给小林老师和博士，但都没有联系过冤种团。卯先生正在做黑暗料理，中途从未离开过厨房。柯南想了很久。这三个冤种背后的高人是谁呢？
柯南再次打开窗户，但这次感觉窗户的高度变了。冤种团也各执己见。就在这时，背后传来一声异响。众人回头一看，发现是光彦的侦探臂章。难道是从屋顶掉下来的吗？大家都吓坏了。
柯南看着三傻，感到很无语。但是，当他抬头看向天花板时，他也被吓了一跳。接着，他用手电筒向下看，突然明白了一切。与此同时，地面上的冤种团也收到了一条信息，他们的恐惧瞬间消失了，取而代之的是满满的惊喜。
此时，卤蛋大师开始哄骗大家。但是，柯南抢先问了一个问题，这个仓库是谁建造的？在得到明确的回答后，柯南报警了。目暮还在网吧打游戏，于是他派了一个牛马来。冤种团先请功，他们在这个仓库里抓住了盗贼。
然而，这个牛马进去后什么也没看到。光彦迅速推理。这间仓库外面有四个台阶，但里面有五个。这就是为什么柯南刚进门就摔了个狗吃屎的原因。但牛马认为这很正常。就在这时，步导开始调度演员，下一秒元泰打开了一扇窗户，但下面还有另一个窗户。牛马彻底傻眼了，为什么刚才下面的窗户还有亮光，现在却没有了？原来，下面的窗户下面的木板被切开了。这样一来，窗户就只是个障眼法。当人们打开真正的窗户时，下方的机关会自动遮蔽下方的窗户，从而使光线消失。
这个祭坛的位置被精心安排，目的是吸引人们的注意力，从而让人们忽略室内外高度的差异。这为屋顶上隐藏的密室提供了掩护。牛马已经听腻了。他只想知道这个密室如何进入。光彦根据之前掉落的臂章分析，只有当整个仓库下沉时，密室才会出现。结合地上的脚印分析，此时密室中一定藏匿着那个盗贼。听到这里，柯南不禁为三傻的智商鼓掌。于是他又提出了一个问题：整个仓库的机关是如何运作的呢？光彦支支吾吾地说不出个所以然。看着自己紧握的手机，柯南终于确认了自己的猜测，决定出手了。
牛马按照柯南的指示，将算珠移动成三水吉右卫门的字样，灰原也终于明白了。最后一个算珠归位后，整个仓库的空间开始了巨大的变化，密室也终于出现在大家面前。这里存放着米花市失窃的珠宝珍品。这个被关起来的小偷坐在里面，但是他们怎么才能出去呢？
柯南发动了机关，大门从中裂开，出现了一条通路。而卤蛋DS一眼就认出了这个盗贼，他是自家园丁。三傻不断向柯南夸耀，但柯南知道，这一切都是平次在背后操纵的，三傻们瞬间陷入了阴谋。听说你们装了一整场，真拿你们三个猪脑子当我了。我呸！还不是靠我。
